Berikut ini adalah daftar Rektor di Setiap Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri pada oktober 2024 ( saat artikel ini ditulis). Saat anda membaca artikel ini bisa jadi sudah ada perubahan Rektor di PTKIN tersebut. Data Nama rektor dan tanggal Pelantikan diambil dari berbagai sumber, namun sumber utama adalah website kemenag.go.id serta website Institusi Kampus serta web berita pihak ketiga.
Terkait adanya Alih bentuk dari STAIN ke IAIN atau IAIN ke UIN bisa jadi periode rektor diatas tidak sesuai dengan kondisi dilapangan mengingat adanya aturan untuk pelantikan Rektor Alih bentuk berlaku aturan jika Masa menjabat rektor kurang dari 2 Tahun dari bentuk PTKIN sebelumnya , maka Rektor tersebut hanya menyelesaikan masa jabatannya, namun untuk masa jabatan Rektor yang kurang dari dua tahun maka di genapkan menjadi 2 Tahun.
| No | UIN | Nama | Tanggal pelantikan | Masa Jabatan |
| 1 | IAIN Ambon | Prof. Dr. H. Zainal Abidin Rahawarin, M.Si | 6 November 2020 | 2020-2024 |
| 2 | IAIN Bone | Prof. Dr. H. Syahabuddin, M.Ag | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 3 | IAIN Curup | Prof. Dr. Idi Warsah, M.Pd.I. | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 4 | IAIN Fattahul Muluk Papua | Dr. H. Marwan Sileuw, S.Ag., M.Pd | 4 Oktober 2022 | 2022-2026 |
| 5 | IAIN Kediri | Dr. Wahidul Anam, M.Ag | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 6 | IAIN Kerinci | Dr. H. Asa’ari, M.Ag | 4 Februari 2021 | 2021-2025 |
| 7 | IAIN Kudus | Prof. Dr. H. Abdurrohman Kasdi, Lc., M.Si | 6 Juni 2022 | 2022-2026 |
| 8 | IAIN Lhokseumawe | Dr. Danial, S.Ag, M.Ag | 2 Maret 2021 | 2021-2025 |
| 9 | IAIN madura | Dr. H. Saiful Hadi, M.Pd | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 10 | IAIN Manado | Dr. Ahmad Rajafi, M.HI | 16 Juni 2023 | 2023-2027 |
| 11 | IAIN Metro | Dr Siti Nurjanah, MAg | 2 Maret 2021 | 2021-2025 |
| 12 | IAIN Palangkaraya | Prof. Dr. Ahmad Dakhoir, SHI MHI | 16 Juni 2023 | 2023-2027 |
| 13 | IAIN Palopo | Dr. Abbas Langaji | 16 Juni 2023 | 2023-2027 |
| 14 | IAIN Pare-Pare | Dr. Hannani, M.Ag. | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 15 | IAIN Ponorogo | Dr Hj Evi Muafiah, MAg | 2 Maret 2021 | 2021-2025 |
| 16 | IAIN Pontianak | Dr. Syarif, S.Ag., M.A | 28 Juli 2022 | 2022-2026 |
| 17 | IAIN SAS Babel | Dr. Irawan, S.Ag., M.S.I | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 18 | IAIN Sorong | Dr. Suparto Iribaram, S.Sos, M.A. | 29 April 2024 | 2024 -2028 |
| 19 | IAIN Sultan Amai Gorontalo | Dr. Zulkarnain Sulaeman, M.HI | 13 Oktober 2021 | 2021-2025 |
| 20 | IAIN Sultan Qaimuddin Kendari | Dr. Husain Insawan, M.Ag | 16 Juni 2023 | 2023-2027 |
| 21 | IAIN Takengon | Prof. Dr. Ridwan, M.C.L | 29 April 2024 | 2024 -2028 |
| 22 | IAIN Ternate | Dr. Radjiman Ismail, M.Pd | 31 Desember 2021 | 2021-2025 |
| 23 | IAIN Zawiyah Cot Kala Langsa | Prof. Dr. Ismail Fahmi Arrauf Nasution | 16 Juni 2023 | 2023-2027 |
| 24 | STAIN Bengkalis | Dr. H. Abu Anwar, M.Ag | 28 Desember 2023 | 2023-2027 |
| 25 | STAIN Majene | Prof. Dr. Wasilah, ST, MT. | 4 Februari 2021 | 2021-2025 |
| 26 | STAIN Mandailing natal | Prof. Dr. H. Sumper Mulia Harahap, M.Ag | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 27 | STAIN Meulaboh | Dr H Syamsuar | 1 Mei 2023 | 2023-2027 |
| 28 | STAIN Sultan Abdurrahman Kepri | Dr. Muhammad Faisal, M.Ag | 27 April 2022 | 2022-2026 |
| 29 | UIN Araniry Aceh | Prof. Dr. Mujiburrahman, M.Ag | 28 Juli 2022 | 2022-2026 |
| 30 | UIN Bandung | Prof. Dr. H. Rosihon Anwar, M.Ag | 11 Agustus 2023 | 2023-2027 |
| 31 | UIN banjarmasin | PROF. DR. H. MUJIBURRAHMAN, MA | 13 Oktober 2021 | 2021-2025 |
| 32 | UIN Banten | Prof. Dr. H. Wawan Wahyudin, M.Pd | 9 September 2021 | 2021-2025 |
| 33 | UIN Batu Sangkar | Prof. Delmus Puneri Salim, M.A., M.Res., Ph.D | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |
| 34 | UIN bengkulu | Prof. Dr. H. Zulkarnain, M.Pd | 31 Desember 2021 | 2021-2025 |
| 35 | UIN Bukit Tinggi | Prof. Dr. Silfia Hanani, S.Ag., M.Si | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |
| 36 | UIN Cirebon | Prof. Dr. H. Aan Jaelani, M.Ag. | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |
| 37 | UIN Jakarta | Prof. Asep Saepudin Jahar, M.A., Ph.D | 1 Maret 2023 | 2023-2027 |
| 38 | UIN jambi | Prof. Dr. As’ad Isma, M.Pd | 28 Desember 2023 | 2023-2027 |
| 39 | UIN Jember | .Prof. Dr. Hepni, S.Ag., M.M | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 40 | UIN Lampung | Prof. Wan Jamaluddin, M.Ag., Ph.D. | 28 Januari 2022 | 2022-2026 |
| 41 | UIN Makassar | .Prof. H. Hamdan, M.A., Ph.D | 11 Agustus 2023 | 2023-2027 |
| 42 | UIN Malang | Prof. Dr. HM Zainuddin | 28 Juli 2021 | 2021-2025 |
| 43 | UIN Mataram | Prof. Dr. H. Masnun Tahir, M.Ag | 28 Juli 2021 | 2021-2025 |
| 44 | UIN Padang | Prof. Dr. Martin Kustati, M.Pd | 28 Juli 2021 | 2021-2025 |
| 45 | UIN Padangsidimpuan | Dr. H. Muhammad Darwis Dasopang, M.Ag | 28 Juli 2022 | 2022-2026 |
| 46 | UIN Palembang | Prof. Dr. Nyayu Khodijah, S.Ag., M.Si | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |
| 47 | UIN Palu | Prof. Dr. H. Lukman, M.Ag | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 48 | UIN Pekalongan | Prof. Zaenal Mustakim | 28 Juli 2022 | 2022-2026 |
| 49 | UIN Purwokerto | Prof. Dr. H. Ridwan, M.Ag | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 50 | UIN Riau | Prof. Dr. Khairunnas Rajab, M.Ag | 19 Mei 2021 | 2021-2025 |
| 51 | UIN Salatiga | Prof. Dr. Zakiyuddin, M.Ag | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |
| 52 | UIN Samarinda | Prof. Dr. Zurqoni, M.Ag | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 53 | UIN Semarang | Prof Nizar | 29 Februari 2024 | 2024-2028 |
| 54 | UIN Sumatera Utara | Prof. Dr. Nurhayati, M.Ag | 09 Mei 2023 | 2023-2027 |
| 55 | UIN Surabaya | Prof. Akhmad Muzakki, M.Phil., Ph.D | 6 Juni 2022 | 2022-2026 |
| 56 | UIN Surakarta | Prof. Dr. Toto Suharto, S.Ag., M.Ag | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 57 | UIN Tulungagung | Prof. Dr. H. Abd. Aziz, M.Pd.I. | 19 Oktober 2023 | 2023-2027 |
| 58 | UIN Yogyakarta | Prof. Noorhaidi, S.Ag., M.A., M.Phil., Ph.D | 9 Agustus 2024 | 2024-2028 |